生物信息学方法 I

Bioinformatic Methods I

使用主要来自网络的程序分析生物学数据。这是一门概论性课程,强调动手实践能力。我们会介绍一些理论,但我们主要关注的是使用已有生物信息学工具来分析数据并得到生物学假设。

多伦多大学

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生物信息学方法I

课程概述

大规模生物项目,例如使用RNA-seq、微阵列等技术的人类基因组测序和基因表达分析,为生物学家建立了丰富的数据资源。然而,科学界所面临的真正挑战是分析这些数据并提取有用信息。这门课将关注已有生物信息学资源的利用,主要是网络程序和数据库,以此访问丰富数据资源,来回答一般生物学工作者所关心的问题,这门课的动手实践性很强。

主题包括多序列比对、系统发生学、基因表达数据分析、蛋白质相互作用网络。这些内容将分为两个部分。

第一部分是生物信息学方法I,涵盖数据库、Blast、多序列比对、系统发生学、选择分析、RNA-seq和元基因组学。

第二部分是生物信息学方法II,涵盖基序搜索、蛋白-蛋白相互作用、结构生物信息学、基因表达数据分析、顺式元件预测。

这两门课对任何考虑读生物科学或分子医学研究生的学生会很有帮助。

课程大纲

生物信息学方法I
第1周:NCBI/Blast I
第2周:Blast II/比较基因组学
第3周:多序列比对
第4周:系统发生学
第5周:选择分析
第6周:“下一代”序列分析(RNA-seq)/元基因组学

背景知识

建议学生拥有一些分子生物学知识,例如修过大二水平该主题的概论课程。

参考资料

建议阅读内容将在每次实验后提供。此外,我们还会提供其它讲座的链接,例如来自多伦多生物信息学用户组的讲座。

授课形式

每周内容包含20到30分钟的视频讲座,涵盖一些生物学基础知识,一些当周探索工具背后的理论知识,之后还有一个实验要求你在自己的电脑上进行。每一节还有两次测试和一次作业。作业是必须要做的。

常见问题

完成这门课后,我能否得到结业证书?
能,顺利学完这门课的学生将得到授课老师签发的结业证书。

上这门课需要哪些资源?
上这门课你只需要互联网连接,以及足够时间完成实验。

学完这门课,我最大的收获是什么?
你将接触一些有趣数据和工具,并用它们探索从千米级到纳米级的生物数据。

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